Макаронная линия: Доступ ограничен: проблема с IP

Ciro | concadoro-importers

Войти / Зарегистрироваться

FULL LINE FOOD DISTRIBUTORS

• Home

• О нас

  • Услуги
  • Бренды, которые мы продаем

• Наши товары

Используйте вкладку для навигации по пунктам меню.

ИТАЛЬЯНСКАЯ СПЕЦИАЛЬНОСТЬ

ЕДА

ИМПОРТЕРЫ

и

ДИСТРИБЬЮТОРЫ

ANSELMO ITALIA

Техника

• Система смешивания ингредиентов с быстрым предварительным смешиванием, обеспечивающая доступ без инструментов с обеих сторон для облегчения обслуживания и очистки.
• Двойной бак-смеситель с валами вращательно-осевого перемещения.
• Вакуумный смесительный бак, отделенный от двойного бака антиблокировочной капсулой новой конструкции.
• Низкоскоростные компрессионные шнеки для обеспечения максимальной производительности при минимальном повреждении теста.
• Разбрасыватель от 1 до 6 штанг в зависимости от производственной мощности; все движения выполняются независимыми приводами с инверторным действием, управляемыми ПЛК.
• 2000 — Стержни 2550 мм из анодированного алюминия с хвостовиками-наконечниками из микролитой нержавеющей стали (патент)
• Обмотка с перемещением штока по цепям.
• Сушильный агрегат с тремя или пятью уровнями, с перемещением штока с помощью зубчатых пластин из нержавеющей стали.
• Цепи сушилки для переноса слоев с независимой моторизацией и инвертором.
• Система вентиляции, разделенная на секции, для предварительной сушки, сушки, стабилизации, увлажнения и охлаждения.
• Батареи Radiant с фланцевыми и индивидуально перехваченными насадками протестированы под высоким давлением.
• Внутренний климат-контроль с датчиками ROTRONIC.
• Постепенное охлаждение физически отделено от горячей зоны.
• Кожух с высокоэффективными изоляционными панелями, который может открываться в вертикальном положении одним оператором.
• Съёмник с движениями, выполняемыми независимыми инверторными приводами, управляемыми ПЛК.
• Лестницы и защитные ограждения на крышах сушильных агрегатов.
• Электрические панели управления, изготовленные в соответствии с высочайшими стандартами качества, присутствующими на рынке.
• Максимальный уровень автоматизации для управления процессами с помощью ПЛК и мониторинга ПК.

Технология

Важным плюсом технологии Anselmo является более длительное время высыхания по сравнению с нашими конкурентами. Этот выбор направлен на получение максимальной стабилизации продукта, широкого диапазона различных форм и длительного хранения растений, которые не подвержены экстремальным температурам.

После 50 важных минут предварительной сушки макаронные изделия доводятся до конечной влажности в течение 3 часов сушки, за которыми следуют 3 часа стабилизации и 45 минут постепенного охлаждения, в общей сложности около 7 часов 30 минут с температура (в зависимости от формы) от 80 ° до 85 ° C.

Система управления технологическим процессом полностью компьютеризирована. Эта функция обеспечивает оптимальный контроль параметров всей линии на каждом этапе процесса благодаря чрезвычайно интуитивно понятному и дружелюбному человеко-машинному интерфейсу. Система позволяет отслеживать производственные партии, а параметры производства можно проверить через Интернет.

Техника

• Система смешивания ингредиентов с быстрым предварительным смешиванием, обеспечивающая доступ без инструментов с обеих сторон для облегчения обслуживания и очистки.
• Двойной бак-смеситель с валами вращательно-осевого перемещения. (Модель BRAIBANTI)
• Вакуумный смесительный бак, отделенный от двойного бака антиблокировочной капсулой новой конструкции.
• Низкоскоростной компрессионный шнек для обеспечения максимальной производительности с минимальным повреждением теста.
• Система резки, реализованная по схеме свойств Anselmo.
  Центрирование с головным устройством всегда безупречно.
  Высокая вентиляция изделия (регулируется инвертором).
  Превосходное распределение продукта на шейкере предварительной сушилки.
  Моторизованные горизонтальные и вертикальные перемещения.
• Трехуровневый шейкер, полностью изготовленный из нержавеющей стали, с отличной вентиляцией и обогревом, предназначенный для предотвращения просыпания продукта.
• Лифты с ковшами, последние из них, изготовленные из нержавеющей стали, с узлами и головками из пластика, считываемыми металлоискателем; По желанию Заказчика головные части могут быть поставлены также из нержавеющей стали.
• Комбинированные (предварительная сушка и сушка) или отдельные сушильные установки.
• Система подачи продукта в сушильную установку с алюминиевыми лентами и сеткой из нержавеющей стали для максимального увеличения потока воздуха (патент).
• Батареи Radiant с фланцевыми и индивидуально перехваченными насадками протестированы под высоким давлением.
• Внутренний климат-контроль с датчиками ROTRONIC.
• Внутренняя моторизация сушилки, класс H.
• Охладитель с ремнями, изготовленными из тех же высокоэффективных материалов, что и для сушильного агрегата.
• Система панелей сушилки с высокой изоляционной способностью, с открывающимися на колесиках боковыми панелями и системой легкого открывания со стороны входа / выхода макаронных изделий. (Патент)
• Лестницы и защитные ограждения на крышах сушильных агрегатов.
• Электрические панели управления, изготовленные в соответствии с высочайшими стандартами качества, присутствующими на рынке.
• Максимальный уровень автоматизации для управления процессами с помощью ПЛК и мониторинга ПК.

Технология

Важным плюсом технологии Anselmo является более длительное время высыхания по сравнению с нашими конкурентами. Этот выбор направлен на получение максимальной стабилизации продукта, широкого диапазона различных форм и длительного хранения растений, которые не подвержены экстремальным температурам.

Шейкер для предварительной сушки больших размеров позволяет избежать прилипания друг к другу форм, даже если он изготовлен из муки из мягкой пшеницы.После 40 минут предварительной сушки макаронные изделия доводятся до конечной влажности в течение 90 минут сушки, за которыми следуют 80 минут стабилизации и 5 минут быстрого охлаждения, в общей сложности около 3 часов 40 минут с температура (в зависимости от формы) от 75 ° до 90 ° C.

Система управления технологическим процессом полностью компьютеризирована. Эта функция обеспечивает оптимальный контроль параметров всей линии на каждом этапе процесса благодаря чрезвычайно интуитивно понятному и дружелюбному человеко-машинному интерфейсу. Система позволяет отслеживать производственные партии, а параметры производства можно проверить через Интернет.

Технические характеристики (совмещенные линии)

• Патент
• Система смешивания ингредиентов с быстрым предварительным смешиванием, обеспечивающая доступ без инструментов с обеих сторон для облегчения обслуживания и очистки.
• Двойной бак-смеситель с валами вращательно-осевого перемещения.
• Вакуумный смесительный бак, отделенный от двойного бака антиблокировочной капсулой новой конструкции.
• Низкоскоростные компрессионные шнеки для обеспечения максимальной производительности при минимальном повреждении теста.
• Двойная головка, оснащенная двумя различными типами матриц: круглой для производства коротких макаронных изделий нормального и большого размера и / или прямоугольными матрицами для изготовления гнезд как в вытянутой, так и в прокатной версиях. С этим последним можно получить, если требуется, мраморность, которая характерна для ручного производства.
• Ровная или наклонная режущая система для короткорезанных макаронных изделий, конструктивно соединенная с прессом, не опираясь на пол.
• Двухуровневый шейкер, встроенный в блок предварительной сушки.
• Устройство для формирования гнезда с возможностью изменения формы и размера путем простой замены формующих труб.
• Блок предварительной сушки на одном уровне. Транспортировка продукции осуществляется с помощью термостойких пластиковых экранов с непрерывным движением для производства коротких макарон нормальных и больших размеров и прерывистым движением для производства гнезд.
• Специальный подъемник от блока предварительной сушки к блоку сушки, предотвращающий перекрытие продукта во время транспортировки.
• Сушилка для одного тела с различными уровнями. Транспортировка продукции осуществляется с использованием термостойких пластиковых экранов и / или алюминиевых лент и сетки из нержавеющей стали.
• Батареи Radiant с фланцевыми и индивидуально перехватываемыми насадками, испытаны под давлением 30 бар.
• Внутренний климат-контроль с датчиками ROTRONIC.
• Класс внутренней моторизации сушилки H.
• Холодильный агрегат с транспортировкой продукции через пластиковые экраны.
• Система панелей сушилки с высокой изоляционной способностью, с открывающимися на колесиках боковыми панелями и системой легкого открывания со стороны входа / выхода макаронных изделий.(Патент)
• Защитные ограждения на крышах сушильных агрегатов с лестничными маршами.
• Можно оборудовать линию бункерами для хранения традиционных коротких макаронных изделий или ленточными бункерами для хранения специальных продуктов или гнезд.
• Электрические панели управления, изготовленные в соответствии с высочайшими стандартами качества, присутствующими на рынке.
• Максимальный уровень автоматизации для управления процессами с помощью ПЛК и мониторинга ПК.

Функциональные особенности (совмещенные линии)

Ансельмо разработал специальный завод, который представляет собой линию по производству коротких макаронных изделий, способную производить как гнезда, так и короткие макаронные изделия «большой формы». Диаграммы сушки продуктов составлены в соответствии с характеристиками каждой формы.
Смена формы чрезвычайно проста и занимает максимум 30 минут. Гнезда сушатся оптимальным образом, так как они укладываются на сетку, очень похожую на ту, что присутствует в традиционных линиях подносов.

Это решение, помимо того, что оно очень удобно с экономической точки зрения, дает ВСЕ следующие преимущества, которые НЕЛЬЗЯ получить от других линий на рынке в настоящее время:

• Оптимальный процесс сушки гнезд благодаря возможности обдувать горячим воздухом всю внешнюю поверхность продукта. Это также возможно, потому что гнезда, высвобождаемые формовочным узлом на сушильной ленте, разрастаются и обеспечивают лучший проход воздуха внутрь.
• Внешний размер гнезда сохраняет неправильную форму, характерную для домашнего производства.
• Можно легко изменить форму и размеры гнезда с помощью простой замены формовочных труб.
• Фаза предварительной сушки осуществляется на однослойной основе, что позволяет производить короткие короткие макаронные изделия большой формы без какой-либо деформации и с сохранением первоначальной формы.
• Линия может производить короткие макаронные изделия с производственной мощностью, недоступной на линиях лотков или контейнеров для стаканчиков.
• Эта последняя характеристика, вместе с низкими стартовыми инвестициями, делает эту линию идеальной для каждого производителя макаронных изделий, который хочет начать производство короткорезанных макаронных изделий большой формы, не ограничивая капитал для выделенной линии (что, скорее всего, будет насыщен в течение длительного времени).
• Так как это линия по производству макаронных изделий укороченной резки, можно также производить луки.
• Так как это линия по производству макаронных изделий быстрого приготовления, которая вначале не была насыщена производством гнезд, завод стал необычным ресурсом на макаронной фабрике для управления формами с малым вращением (трехцветные, региональные деликатесы, алфавит, предметы или фигуры животных, и Т. Д.)

Система управления технологическим процессом полностью компьютеризирована.
Эта функция обеспечивает оптимальный контроль параметров всей линии на каждом этапе процесса благодаря чрезвычайно интуитивно понятному и дружелюбному человеко-машинному интерфейсу.

Система позволяет отслеживать производственные партии, а параметры производства можно проверить через Интернет.

Технические характеристики (линия противней)

• Система смешивания ингредиентов с быстрым предварительным смешиванием, обеспечивающая доступ без инструментов с обеих сторон для облегчения обслуживания и очистки.
• Двойной бак-смеситель с валами вращательно-осевого движения.
• Вакуумный смесительный бак, отделенный от двойного бака антиблокировочной капсулой новой конструкции.
• Низкоскоростные компрессионные шнеки для обеспечения максимальной производительности при минимальном повреждении теста.
• Головка оснащена прямоугольными матрицами для производства различных форматов как в тянутом, так и в прокатном исполнении. При необходимости последний может обеспечить эффект мрамора, характерный для изделий ручной работы.
• Устройства формирования гнезд или рулонов с возможностью изменения формы и размера продуктов путем простой замены оборудования.
• Устройство для нарезки и выкладывания лапши для лазаньи на решетку с возможностью изготовления бесшовной лапши для лазаньи различных размеров.
• Стеллажи из анодированного алюминия и пластиковой термостойкой сетки.
• Открытая сверху вентиляция после размещения продукта на решетках.
• Начальная фаза предварительной сушки на одной горизонтальной поверхности.
• Предварительная сушка завершена в колонне стеллажей, которые поднимаются, пока не достигнут первого уровня сушильной установки.
• Батареи Radiant с фланцевыми и индивидуально перехватываемыми насадками, испытаны под давлением 30 бар.
• Внутренний климат-контроль с датчиками ROTRONIC.
• Класс внутренней моторизации сушилки H.
• Блок охлаждения конечного продукта со змеевиками холодной воды из нержавеющей стали.
• Вертикальное скопление полных и пустых стеллажей в конце этапов производства и упаковки.
• Система панелей сушилки с высокой изоляционной способностью, с открывающимися на колесиках боковыми панелями и системой легкого открывания со стороны входа / выхода макаронных изделий. (Патент)
• Защитные ограждения на крышах сушильных агрегатов с лестничными маршами.
• Электрические панели управления, изготовленные в соответствии с высочайшими стандартами качества, существующими на рынке.
• Максимальный уровень автоматизации для управления процессами с помощью ПЛК и мониторинга ПК.

Функциональные особенности (линия противней)

Линия подносов для производства гнезд, матасс и лазаньи основана на сушке продуктов на алюминиевых и пластиковых сетчатых подносах.Гнезда, устройства для формования матасс и лазаньи мягко укладывают продукты на лотки, которые периодически перемещаются по горизонтальной транспортной системе. Вертикальные движения, необходимые для зоны предварительной сушки, проходов сушильных слоев и для хранения готовой продукции, реализованы таким образом, чтобы лотки всегда находились в горизонтальном положении. Благодаря этому различные формы сохраняют свое исходное положение на лотках в течение всего производственного процесса. Эта система дает следующие преимущества:

• Изделия остаются без повреждений, так как не могут задеть друг друга.
• Положение «заказано» на лотке позволяет загружать потребительскую тару, в которой показан продукт «заказан».

Одна и та же линия, если она оборудована тремя формовочными устройствами, может производить как матассы, так и лазанью, с изменением формы менее чем за 30 минут.

Гнезда и матассы можно производить как методом ламинирования, так и методом экструзии. С помощью простой замены приспособлений можно получить широкий диапазон форм и размеров.Размеры лазаньи легко регулируются, чтобы получить как стандартные размеры для конечного покупателя, так и специальные, которые обычно требуются в промышленности.

Линия оснащена вертикальными модулями для хранения пустых и полных лотков, чтобы получить хранилище продукта, позволяющее производить продукцию непрерывно даже во время остановок упаковки (как запрограммированных, так и случайных).

Система управления технологическим процессом полностью компьютеризирована.Эта функция обеспечивает оптимальный контроль параметров всей линии на каждом этапе процесса благодаря чрезвычайно интуитивно понятному и дружелюбному человеко-машинному интерфейсу.

Система позволяет отслеживать производственные партии, а параметры производства можно проверить через Интернет.

Техника

• Опорное основание с опорными элементами, регулируемыми по высоте миллиметром.
• Металлическая конструкция, внутренняя облицовка, специальный материал из нержавеющей стали.
• Единица загрузки продукта с системой вибрации.
• Сегментированный барабан и сетка из нержавеющей стали.
• Центральный вал установлен на опорных элементах с качающимися подшипниками.
• Управляемый инвертором мотор-редуктор.
• Сверхмощные мотор-вентиляторы.
• Внутренняя моторизация и приводные системы H-класса.
• Теплоизлучающие агрегаты на 30 бар с фланцевыми соединениями.
• Внутренние климатические условия (температура и влажность) полностью контролируются с помощью зондов и датчиков ROTRONIC.
• Вся установка предварительной сушки / сушки закрыта внутри кабины, сделанной из теплоизоляционных панелей, которые открываются в вертикальном положении только одним оператором.
• Защитные перила на стойке сушилок с лестницами для доступа.
• Электрощиты спроектированы и изготовлены по нормам.
• Автоматизация высочайшего уровня для контроля функционирования и управления всем процессом с управляющим ПЛК и контрольным ПК.

Техника

Этот тип высокотемпературной сушилки с центральным барабаном идеально подходит для упаковки и сушки всех видов макаронных изделий малого и среднего размера, а также кус-кус, закусок и гранул.Движение барабана с центральным барабаном напрямую контролируется мотор-редуктором, управляемым инвертором, что обеспечивает больший диапазон изменения между максимальной и минимальной скоростью, что делает эту машину очень гибкой, эффективной и однородной на этапах обертывания, сушки и стабилизации, тем самым оптимизация значений, установленных на диаграммах сушки. Система вентиляции очень эффективна и может быть одинарного или двойного типа, в первом случае батареи располагаются внизу, а в двойном типе они противопоставляются вверху и внизу для линий большой емкости.В обоих случаях продукт подвергается воздушному потоку снизу вверх и наоборот, что обеспечивает отличную равномерность транспортировки. Вся система регулируется функцией автоматического управления технологическим процессом, управляемой ПК, что обеспечивает простое и безопасное обращение с линией на протяжении всего производственного цикла.

Техника

ИНДИВИДУАЛЬНЫЕ ПРОЕКТЫ
Размер хранилища рассчитан таким образом, чтобы полностью удовлетворить требования покупателя в отношении вместимости складских помещений, а также систем загрузки и разгрузки.Поэтому это всегда индивидуальный проект.

ЗАГРУЗКА
Завод может принимать макаронные изделия с одной или нескольких производственных линий производительностью до 6.000 кг / ч с возможностью разгрузки каждой производственной линии на каждую отдельную ячейку.

ХРАНЕНИЕ
Общая емкость хранения определяется комбинацией емкости хранения одной отдельной ячейки и общего количества ячеек.

РАЗРЯД
Система хранения может питать одну или несколько упаковочных линий с возможностью разгрузки каждой ячейки на каждой упаковочной машине.

КАЧЕСТВЕННЫЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ

• отсутствие загрязнения инородными телами
• отсутствие смешения форм макаронных изделий
• отсутствие отложений пыли и / или продуктов, что упрощает очистку
• Простота доступа к зонам контроля и / или очистки
• • использование материалов, пригодных для контакта с пищевыми продуктами

АВТОМАТИЗАЦИЯ

Короткая секция хранения макаронных изделий с полностью взаимозаменяемыми комбинациями загрузки / выгрузки, состоящая из элеваторов, загрузочной ленты и ковшовых конвейеров, спиральных вертикальных опускаемых устройств с защитой от разрушения, силосов для хранения, облицованных изоляционными панелями из ламината и полиуретана, самонесущих усиление) и снабжен разгрузочным бункером из нержавеющей стали, радиальными углами, правой и левой вытяжными лентами, разгрузочной лентой и другими конвейерами, а также отборными ситами с тремя уровнями прохождения. Весь процесс хранения контролируется системой автоматизации (с контролем ПЛК и ПК), что позволяет собирать продукты любой формы из любого силоса, а также несколько продуктов одновременно. Возможность смешивать несколько форм (на примере трехцветного изделия).

Линия по производству макаронных изделий из полбы Kernser онлайн

Описание

Линия макарон Kernser Spelled Pasta специально разработана для тех, кто испытывает трудности с перевариванием глютена, содержащегося в обычных макаронных изделиях.Но также для тех, кому нужна паста, чтобы удивить необычайно хорошим вкусом. Паста из полбы известна своим богатым, «ореховым» вкусом и более гладкой текстурой.

Итак, все эти фирменные макаронные изделия из спельты обладают таким вкусом, что для полного удовольствия не нужен острый соус.
Замечательно то, что макароны из цельнозерновой муки имеют тенденцию быть зернистыми и крошатся во время приготовления, но эти макароны из полбы сохраняют свою текстуру, поэтому отлично держатся под соусами и другими ингредиентами.

Но что действительно важно подчеркнуть, так это множество преимуществ этих фирменных макаронных изделий Kernser Spelled.

Линия макаронных изделий Kernser Spelled / Полба как «лучшее из зерна» / питательное и высококачественное зерно

Полба является причиной значительной пищевой ценности этих продуктов. Она богата клетчаткой, имеет более высокое содержание белка и витаминов, чем обычная пшеница. Но, возьмем все индивидуально. Фирменные макаронные изделия Kernser Spelled богаты углеводами (пищевыми волокнами и сахаром). Они ответственны за привлечение энергии в наш метаболизм. Кроме того, они обладают высокой функцией, позволяющей легко утолить голод.

Вместе с тем, каждое из этих блюд является домом для витаминов, магния, железа и других минералов. И вы знаете, что вашему организму необходимы минералы и витамины для каждого процесса и функции. Но это еще не все. Благодаря ценным белкам и жирным кислотам, эти фирменные швейцарские макароны могут поддержать ваше тело во время тренировок и регенерации.
Наконец, эти продукты подходят для людей, страдающих аллергией на пшеницу, в том числе благодаря чистой, старинной швейцарской полбе.

Все эти пять продуктов находятся здесь, чтобы их было легко найти:

УрДинкель

-Alpler-Magronen
-Penne rigate
-Amori
-Spiralen
-Maccheroni Napoli

Получите их онлайн

Мы являемся ведущим и старейшим аутентичным швейцарским интернет-магазином, продающим только оригинальные швейцарские продукты, такие как линия макаронных изделий Kernser и многие другие.Как получить его? Закажите онлайн, и вы получите отслеживаемую, застрахованную посылку прямо к вашей двери, где бы вы ни находились, прямо из Швейцарии. Отправлено по фиксированной ставке прямо из Швейцарии.

pasta / pasta-tutorial.md at master · smirarab / pasta · GitHub

PASTA оценивает выравнивания и деревья ML из невыровненных последовательностей, используя итерационный подход. На каждой итерации сначала он оценивает множественное выравнивание последовательностей, используя текущее дерево в качестве ориентира, а затем оценивает ML-дерево на (замаскированной версии) выравнивания.По умолчанию PASTA выполняет 3 итерации , но множество опций позволяют изменить это поведение. На каждой итерации для оценки согласованности используется стратегия «разделяй и властвуй». Набор последовательностей делится на более мелкие подмножества, каждый из которых выравнивается с помощью внешнего инструмент выравнивания (по умолчанию MAFFT). Эти подмножества выравнивания затем попарно объединяются (по умолчанию с использованием Opal). и, наконец, попарно объединенные выравнивания объединяются в окончательное выравнивание с использованием техники слияния транзитивности. Подразделение набора данных на более мелкие подмножества и выбор выравниваний, которые следует объединить попарно, руководствуется деревом из предыдущей итерации. Поэтому для первого шага требуется начальное дерево.

Подтверждение : Текущий код PASTA в значительной степени основан на коде SATe, разработанном группой Марка Холдера в KU. См. Документацию по коду SATe в каталоге sate-doc, включая список авторов, лицензию и т. Д.

---

Зависимости :

1. У вас должен быть Python 2.7 или новее, включая python 3.
2. У вас должна быть установлена ​​java (требуется для Opal).

У вас есть три варианта установки PASTA.

• Windows: Если у вас есть машина с Windows, в настоящее время вы можете использовать предоставленный нами образ виртуальной машины (ВМ).
• Linux: Если у вас Linux (или другие системы * nix), вы все равно можете использовать виртуальную машину, но мы настоятельно рекомендуем загрузить код с github и установить его.
• MAC: У нас есть три варианта для MAC: виртуальная машина, установка из кода и загрузка файла .dmg. Если вы в основном используете графический интерфейс, то файл MAC .dmg — хороший вариант (хотя иногда он может отставать от последней версии кода).

1. Из файла предварительно созданного образа MAC

1. Загрузите файл .dmg приложения MAC с веб-сайта проекта.
2. Откройте файл .dmg и скопируйте его содержимое в желаемое место назначения (не запускайте PASTA из самого образа).
3. Просто запустите приложение PASTA, откуда вы его скопировали.

Общие проблемы:

1. В некоторых случаях ваша установка python может находиться в месте, отличном от где PASTA надеется найти его. В этих случаях вы получаете следующую ошибку сообщение:

     PASTA обнаружил фатальную ошибку и теперь будет завершен.
     Не удалось найти среду выполнения Python. 
     Возможно, вам потребуется установить сборку фреймворка Python,
     или отредактируйте массив PyRuntimeLocations в информации этого приложения.plist файл.
     

   Если вы получили это сообщение, убедитесь, что у вас установлен python 2.7. Затем запустите python -c 'import sys; напечатайте sys.prefix '. Это скажет вам, где находится ваш питон расположен. Теперь щелкните приложение PASTA и выберите Показать содержимое пакета . Перейдите к Contents и откройте Info.plist в текстовом редакторе. Замените /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/ в PyRuntimeLocations с местоположением вашей установки python (вероятно, это / Library / Frameworks / Python.framework / Versions / 2.7 ). Попробуйте запустить приложение еще раз и посмотрите, работает ли оно.

2. Если указанное выше решение не работает или возникают другие ошибки, сначала попробуйте установка PASTA из исходного кода (см. ниже), а затем запуск ./make-app.sh из каталога макаронных изделий. Это создаст приложение под dist , который вы сможете запустить и скопировать в любое другое место.

2. Из исходного кода

Текущая версия PASTA полностью разработана и протестирована для Linux и MAC.Windows в настоящее время не работает (будущие версии могут поддерживать или не поддерживать Windows).

Вам необходимо:

• Python (версия 2.7 или более поздняя, ​​включая Python 3)
• Dendropy (но сценарий установки должен автоматически установить dendropy, если у вас его нет)
• Java (требуется только для использования OPAL)
• wxPython — требуется только в том случае, если вы хотите использовать графический интерфейс.

Этапы установки :

1. Откройте терминал и создайте каталог, в котором вы хотите хранить ПАСТА (например,г. , мкдир ~ / код пасты ). Перейдите в этот каталог (например, cd ~ / pasta-code ).

2. Клонируйте репозиторий кода PASTA из нашего репозитория github. Например, вы можете использовать git clone https://github.com/smirarab/pasta.git . Если у вас нет git, вы можете напрямую загрузить zip-файл из репозитория. и распакуйте его в желаемый каталог.

3. Клонируйте соответствующий каталог «tools» (они также являются ветвями проекта SATe).Есть разные репозитории для linux и MAC. Вы можете использовать git clone https://github.com/smirarab/sate-tools-linux.git для Linux или git clone https://github.com/smirarab/sate-tools-mac.git для MAC . Или вы можете напрямую загрузить их в виде zip-файлов для Linux или MAC и распакуйте их в целевой каталог (например, код пасты ). Обратите внимание, что каталог инструментов и каталог кода PASTA должны находиться в одном родительском каталоге. Также обратите внимание, что когда вы используете zip-файлы вместо git , после распаковки zip-файла вы можете получить каталог с именем sate-tools-mac-master или sate-tools-linux-master вместо sate -tools-mac или sate-tools-linux .Вам необходимо переименовать эти каталоги и удалить часть -master . Наконец, те, у кого есть 32-битные машины Linux, должны знать, что главная ветвь имеет 64-битные двоичные файлы. 32-разрядные двоичные файлы предоставляются в ветке 32bit проекта git sate-tools-linux (так что вместо этого загрузите этот zip-файл).

4. cd pasta (или cd pasta-master , если вы использовали zip-файл вместо клонирования репозитория git)

5. Затем запустите:

  установка sudo python.ру развиваться
  

Если у вас нет root-доступа, удалите часть sudo и вместо этого используйте параметр --user . В качестве альтернативы вы можете использовать --prefix , чтобы установить его в другом месте, но обратите внимание, что другое местоположение должно быть частью вашей переменной среды PYTHONPATH .

Общие проблемы:

• Если вы получаете сообщение об ошибке Не удалось найти каталог пакета инструментов SATe: , это означает, что у вас нет нужного каталога инструментов в нужном месте.Может, вы скачали MAC вместо Linux? Или, может быть, вы не поместили каталог в родительский каталог, где находится код макаронных изделий? Скорее всего, вы использовали zip-файлы и забыли удалить -master из имени каталога. Запустите mv sate-tools-mac-master sate-tools-mac на MAC или mv sate-tools-linux-master sate-tools-linux , чтобы исправить эту проблему.
• Предполагается, что сценарий setup.py установит для вас инструменты установки, если у вас их нет. Иногда это работает, а иногда нет.Если вы получаете сообщение об ошибке типа , недопустимая команда «develop» , это означает, что setuptools не установлен. Чтобы решить эту проблему, вы можете вручную установить инструменты настройки. Например, в Linux вы можете запустить: curl https://bootstrap.pypa.io/ez_setup.py -o - | sudo python (но обратите внимание, что есть и другие способы установки инструментов настройки).

3. С виртуальной машины (ВМ)

Образ виртуальной машины (в основном для пользователей Windows) доступен для загрузки (~ 3 ГБ). После загрузки образа вам необходимо запустить его в среде виртуальной машины (VirtualBox — хороший вариант).После установки VirtualBox вам просто нужно использовать File / import для импорта загруженного вами образа .ova (если на вашем компьютере меньше 3 ГБ, вы можете уменьшить объем памяти до примерно 512 МБ). Как только виртуальная машина импортирована, вы можете запустить ее из Virtualbox. Если вас попросят войти в систему, имя пользователя и пароли будут (имя пользователя: phylolab, пароль: phylolab). PASTA уже установлен на виртуальной машине, поэтому вы можете просто продолжить, открыв терминал и запустив его.

Электронная почта pasta-users @ googlegroups.com по вопросам установки.

---

Шаг 1. Выполнение тестового задания

PASTA можно запустить из командной строки или графического интерфейса.

Из графического интерфейса:

1. Если вы установили PASTA из файла .dmg, чтобы запустить графический интерфейс PASTA, просто щелкните приложение, которое вы скопировали на свой компьютер.
2. Если вы установили PASTA из кода, вам нужно открыть терминал (извините!) И запустить:

на некоторых машинах, это может не работать, говоря

  Этой программе нужен доступ к экрану.Пожалуйста, запускайте со сборкой Python на платформе Framework, и только когда вы вошли в систему на основном дисплее вашего Mac. 
  

, вы можете исправить это, запустив:

  pythonw {ПУТЬ к пасте} /run_pasta_gui.py
  

обратите внимание на использование pythonw вместо python

3. На виртуальной машине слева есть значок PASTA. Щелкните это, чтобы открыть ПАСТА.

Откроется графический интерфейс PASTA. Чтобы предоставить входной файл, нажмите кнопку Sequence File и выберите входной файл fasta.

Мы предоставили несколько файлов с тестовыми данными в каталоге data . Хороший первый запуск — это small.fasta , который представляет собой небольшую имитацию выравнивания и работает очень быстро. Вы также можете использовать 16S.E.ALL.unaligned.fasta , который намного больше (1900 последовательностей) и займет больше времени (в зависимости от вашей машины, от 15 минут до нескольких часов). Входной файл 16S загружается с веб-сайта Gutell Lab CRW, но он сокращается до первых 990 сайтов, так что тестовый запуск может завершиться за 15-20 минут на относительно новом настольном компьютере.

После того, как вы выберете входной файл, PASTA спросит вас, хотите ли вы «Красный ввод данных сейчас?». Ответь ОК. На этом этапе PASTA автоматически выбирает свои алгоритмические параметры. Теперь нажмите кнопку Start , и PASTA запустится. Если вы использовали small.fasta в качестве входных данных, PASTA завершится через короткое время. После завершения PASTA расположение выходных файлов указывается в поле подсказки чуть ниже кнопки запуска.

Из командной строки:

Если установка прошла успешно, вы сможете запустить PASTA, выполнив следующую команду из любого места.Откройте окно терминала и введите:

Запуск PASTA с опцией --help дает список опций, доступных в PASTA. PASTA автоматически выбирает свои алгоритмические настройки на основе ваших входных данных, поэтому вы можете игнорировать большинство этих параметров (но -d важен, если у вас есть что-либо, кроме последовательностей ДНК). Вам необходимо знать базовое использование командной строки:

  run_pasta.py -i input_fasta_file
  

Параметр -i используется для указания файла входной последовательности.Входной файл должен быть в упрощенном формате FASTA. Эта команда запустит PASTA и запустит ее в вашем входном файле.

Для пробного запуска используйте команду cd , чтобы перейти в каталог data в каталоге установки PASTA. Оттуда запустите

  run_pasta.py -i small.fasta
  

Это запустит PASTA и закончится быстро (от 30 секунд до 5 минут в зависимости от вашей машины). Прочтите вывод PASTA и убедитесь, что он завершен без ошибок.Если PASTA работает успешно, он создает множественное выравнивание последовательностей и дерево, которое мы рассмотрим на следующем шаге.

Шаг 2: Проверка вывода PASTA:

Два основных вывода PASTA — это выравнивание и дерево. Дерево сохраняется в файле с именем [имя задания] .tre , а файл выравнивания называется [имя задания] .marker001.small.aln . [имя задания] — это префикс, который по умолчанию установлен на pastajob , но может быть изменен пользователем (см. Параметр -j ниже).Когда вы запускаете PASTA, если ваш выходной каталог (который по умолчанию является местом расположения ваших входных последовательностей) уже содержит некоторые файлы с префиксом pastajob , тогда используется префикс pastajob1 , и если он существует, используется pastajob2 , и так далее. Таким образом, существующие файлы никогда не перезаписываются. Имя вашего задания и, следовательно, префикс, используемый для выходных файлов, можно контролировать с помощью аргумента - j для командной строки или поля «Имя задания» в графическом интерфейсе.

Сначала мы кратко рассмотрим выравнивание и дерево, произведенное PASTA.

Программа для просмотра деревьев:

Есть много инструментов, которые можно использовать для просмотра филогенетических деревьев. Вот несколько, которыми пользуются многие:

1. FigTree, вероятно, является наиболее широко используемым инструментом. Он производит красивые цифры и работает под Linux, Windows и MAC.
2. Archeopteryx очень хорош для просмотра больших деревьев, а также работает со всеми тремя операционными системами.
3. EvolView: онлайн-приложение. Вам даже не нужно скачивать.

Есть еще много чего.

Для этого урока давайте воспользуемся онлайн-программой просмотра (EvolView) или любым другим инструментом, который вы сможете загрузить и установить (уже установленным на виртуальной машине). С помощью любого из этих приложений откройте файл pastajob.tre . Мы рассмотрим различные варианты просмотра дерева.

Программа для просмотра центровки:

Точно так же существует множество приложений для просмотра множественных выравниваний последовательностей. Некоторые варианты:

1. Выравнивания можно просмотреть в любом текстовом редакторе. Во многих ситуациях этого достаточно. В командной строке Linux / Mac можно использовать минус , vim или любое количество других приложений текстового редактора. Также будут работать текстовые редакторы с графическим интерфейсом (например, TextEdit для MAC). Блокнот Windows — не лучший вариант (ни MS Word, ни какой-либо другой текстовый редактор), но блокнот ++ должен работать.
2. Seaview — относительно легкое приложение, которое хорошо справляется с визуализацией выравнивания.
3. JalView имеет множество опций, но не обязательно легкий.
4. SuiteMSA — это также полнофункциональное программное обеспечение для просмотра совмещений, манипуляций и многого другого.

В этом уроке мы будем использовать как текстовый редактор, так и Seaview. Но не стесняйтесь использовать свои любимые инструменты. Мы откроем pastajob.marker001.small.aln с помощью текстового редактора и с помощью SeaView и посмотрим на них.

Примечание о поддерживаемых значениях:

PASTA не выполняет начальную загрузку.Дерево, выводимое PASTA, в зависимости от используемых опций может включать поддерживаемые значения на ветвях. Это , а не значений поддержки начальной загрузки. Вместо этого они представляют собой SH-подобные значения локальной поддержки, вычисленные FastTree, и обычно считаются не такими надежными, как значения поддержки начальной загрузки. По нашему опыту, они склонны переоценивать поддержку. Таким образом, если вы хотите иметь значения поддержки, которым можно доверять, мы предлагаем вам использовать выравнивание PASTA и внешний инструмент (например, RAxML) для начальной загрузки.Если ваше выравнивание слишком велико для начальной загрузки с использованием RAxML, вы всегда можете использовать FastTree для начальной загрузки.

Другие выходные файлы PASTA:

PASTA также генерирует несколько других «выходных» файлов. pastajob.out.txt и pastajob.err.txt будут содержать сообщения вывода и сообщения об ошибках соответственно. pastajob.score.txt дает оценку правдоподобия, полученную внутренним инструментом машинного обучения PASTA для (замаскированного — см. Ниже) выравнивания.

Кроме них, также создается множество «временных файлов».Самый важный временный файл называется pastajob_temp_pasta_config.txt . Этот файл содержит все конфигурации PASTA, используемые в текущем запуске. Вам следует 1) проверить этот файл, чтобы убедиться, что конфигурации соответствуют вашим намерениям, и 2) сохранить этот файл для использования в будущем (чтобы вы знали, какие именно параметры использовались). На следующих этапах мы увидим, как файлы конфигурации можно использовать для запуска PASTA с воспроизводимым набором конфигураций.

Наконец, есть куча временных файлов вывода в формате pastajob_temp_iteration_X_tree. tre , pastajob_temp_iteration_X_seq_alignment.txt и pastajob_temp_iteration_X_seq_unmasked_alignment.gz . Это выравнивания и деревья, созданные отдельными итерациями PASTA (подробнее об этом позже). Выравнивания сохраняются в замаскированном и немаскированном форматах. Эти временные выравнивания и деревья используют внутренние «безопасные» имена PASTA. Перевод между внутренними именами PASTA и вашими исходными именами дается в pastajob_temp_name_translation.txt . Как мы увидим, PASTA поставляется с инструментом под названием run_seqtools.py , который может помочь в работе с этими файлами (см. Шаг 6).

Сравнение советов:

Когда два выравнивания генерируются на одном и том же наборе последовательностей, можно спросить, насколько они похожи. У нас есть инструмент FastSP, который сравнивает два выравнивания и сообщает вам, насколько они похожи или различны. FastSP не требует установки. Вы можете просто скачать его и запустить (требуется Java). Мы будем использовать его для сравнения выравниваний, полученных с помощью PASTA, и эталонных выравниваний, полученных с веб-сайта CRW, а также включенных как часть пакета данных.Предполагая, что FastSP расположен по адресу ~ / bin / , вы можете запустить:

  java -jar ~ / bin / FastSP_1.6.0.jar -r 16S.E.ALL.referene.fasta -e pastajob.marker001.16S.E.ALL.unaligned.aln
  

Это позволит сравнить эталонное выравнивание и ваше предполагаемое выравнивание и распечатать различные меры их сходства и различия.

Еще можем попробовать:

  java -jar ~ / bin / FastSP_1.6.0.jar -r 16S.E.ALL.referene.fasta -e pastajob.marker001.16S.E.ALL.unaligned.aln -mlr
  

, который исключает строчные буквы из ссылочного выравнивания (в этом случае имеет значение только SPFN, а SPFP — нет).

Шаг 3. Понимание и использование параметров PASTA:

GUI:

При использовании графического интерфейса пользователя в нем можно настроить ограниченный набор важных параметров.

• Внешние инструменты : вы можете выбрать инструмент, используемый для получения выравниваний на подмножествах (выравниватель), для выполнения попарного слияния (слияние), инструмент оценки дерева (оценка дерева) и, наконец, модель, используемую для оценки дерева.Значения по умолчанию должны работать нормально, и вы можете просто использовать их. Однако нам известно несколько случаев, когда вы можете захотеть изменить эти значения. Если у вас небольшие наборы данных (скажем, <100 таксонов), вы можете использовать RAxML вместо FastTree без значительного увеличения времени выполнения. Для наборов данных AA, если у вас есть представление о том, какая модель замещения более подходит, вы можете изменить модель (но обратите внимание, что FastTree поддерживает только несколько моделей, и вам, возможно, придется переключиться на RAxML для большего количества моделей). Наконец, если на вашем компьютере нет Java, вы всегда можете использовать Muscle вместо Opal для объединения пар выравниваний.

• Параметры задания : это параметры, которые не изменяют алгоритмические параметры, но управляют тем, каким должно быть имя задания, где должны быть сохранены выходные файлы, сколько процессоров должно быть запущено и, наконец, сколько памяти должно быть доступно в OPAL. Память OPAL не была проблемой для PASTA, но если вы когда-нибудь столкнетесь с проблемой памяти, вы можете увеличить максимальный объем памяти, который может использовать OPAL.

• Последовательности и дерево : Здесь вы можете выбрать файлы входной последовательности (единственное настоящее обязательное поле).Тип данных автоматически определяется графическим интерфейсом пользователя, но если он определен неправильно, вы всегда можете это исправить. Использовать для начального дерева — это флажок, который активируется только в том случае, если ваш ввод уже выровнен. Когда выбрано, ваше выравнивание используется в качестве начального выравнивания (по которому оценивается начальное дерево). Если этот флажок не установлен, выравнивание во входном файле игнорируется (пробелы удаляются). Параметр Файл дерева может использоваться для предоставления начального дерева для PASTA. Если не указан, PASTA оценивает начальное дерево.

• Настройки PASTA : эти наборы параметров изменяют алгоритмические настройки PASTA. Максимум. Подзадача контролирует размер подмножеств (размеры подмножеств более 200 не приветствуются, но меньшие значения могут улучшить время выполнения). Максимальный размер подмножества может быть установлен как абсолютное значение или как часть размера набора данных. Ограничение времени и ограничение итераций можно использовать для управления количеством итераций, используемых PASTA. По умолчанию это 3 итерации, но обратите внимание, что большая часть выигрыша обычно достигается на первой итерации.Таким образом, если время выполнения является проблемой, вы всегда можете уменьшить количество итераций до 1 или 2. Вы также можете установить ограничение времени выполнения в часах. По истечении времени текущая итерация продолжается, но дальнейшие итерации не выполняются. Возврат также является наследием PASTA, который определяет, следует ли возвращать дерево из последней итерации в качестве конечного дерева или следует использовать дерево с наибольшей вероятностью (и соответствующее выравнивание). Поскольку PATA (в отличие от SATe) использует маскирование перед запуском инструмента машинного обучения, изменять этот параметр не рекомендуется.

• Параметры рабочего процесса: В этом разделе представлены параметры, которые на самом деле не связаны с PASTA. Если вы выберете Двухфазный (не PASTA) , PASTA не будет использоваться. Вместо этого выбранный метод выравнивания будет использоваться для получения выравнивания, а инструмент оценки дерева будет использоваться для получения дерева. С Extra RAxML Search , PASTA будет использоваться для получения выравнивания, а затем RAxML также будет запущен при окончательном выравнивании; это метод, который вы можете использовать, чтобы гарантировать, что вы получите дерево RAxML вместо дерева FastTree в качестве вывода. Обратите внимание, что RAxML занимает больше времени, чем FastTree, поэтому использование RAxML для вашего окончательного дерева увеличивает время выполнения, но не настолько, как его использование на каждой итерации.

Командная строка:

Командная строка позволяет изменять поведение алгоритма с помощью различных параметров конфигурации. Запуск PASTA с параметром -h перечисляет все параметры, которые могут быть предоставлены в командной строке (см. Ниже наиболее важные из них). Помимо самой командной строки, PASTA может считывать параметры из одного или нескольких файлов конфигурации.Файлы конфигурации имеют следующий формат:

  [командная строка]
option-name = значение

[sate]
option-name = значение
  

Обратите внимание, что, как упоминалось ранее, при каждом запуске PASTA сохраняет файл конфигурации для этого запуска как временный файл с именем [имя задания] _temp_pasta_config. txt в вашем выходном каталоге. Вы можете просмотреть один из этих файлов в текстовом редакторе, чтобы лучше понять формат файла конфигурации.

PASTA может читать несколько конфигураций.Файлы конфигурации читаются в порядок, в котором они встречаются как аргументы (со значениями в более поздних файлах, заменяющих ранее читать значения). Параметры, указанные в командной строке, читаются в последнюю очередь. Таким образом, эти значения «перезаписывают» любые настройки из файлов конфигурации.

Ниже приводится список важных опций, используемых PASTA. Обратите внимание, что по умолчанию PASTA выбирает эти параметры за вас, и поэтому вам может не понадобиться их когда-либо изменять (за важным исключением параметра -d ):

• Начальное дерево: Как упоминалось ранее, PASTA требуется начальное дерево для выполнения первого раунда выравнивания.Вот как выбирается исходное дерево.

  • Если начальное дерево предоставляется с использованием параметра -t , то используется это дерево.
  • Если файл входной последовательности уже выровнен и предоставлена ​​опция --aligned , то PASTA вычисляет ML-дерево на входном выравнивании и использует его в качестве начального дерева. * Если входные последовательности не выровнены (или если они выровнены и - выровненный не указан), PASTA использует следующую процедуру для оценки начального выравнивания и дерева.Он 1) случайным образом выбирает подмножество из 100 последовательностей, 2) оценивает выравнивание на подмножестве с помощью инструмента выравнивания подмножества (по умолчанию MAFFT-l-insi), 3) строит модель HMMER на этом «базовом» выравнивании, 4) использует hmmalign для выравнивания оставшихся последовательностей в выравнивании основной цепи, 5) запускает FastTree для выравнивания, полученного на предыдущем этапе.

• Тип данных: PASTA не определяет ваш тип данных автоматически. Если ваши данные не являются ДНК, вам необходимо установить тип данных с помощью команды -d . Ваши варианты: ДНК, РНК и БЕЛК.

• Инструмент оценки дерева: по умолчанию для оценки филогенетического дерева в PASTA используется инструмент FastTree. Единственная доступная в настоящее время опция — RAxML. Вы можете установить для оценки дерева значение RAxML, используя параметр --tree-Estimator . Однако имейте в виду, что RAxML занимает гораздо больше времени, чем FastTree. Если вы действительно хотите получить дерево RAxML, мы предлагаем получить его, запустив его при окончательном выравнивании PASTA. Вы можете изменить модель, используемую FastTree (по умолчанию: -nt -gtr -gamma для nt и -wag -gamma для aa) или RAxML (по умолчанию GTRGAMMA для nt и PROTWAGCAT для AA), обновив [модель] Параметр в заголовке [FastTree] или [RAxML] во входном файле конфигурации.В настоящее время модель не может быть обновлена ​​напрямую в командной строке в качестве опции.

• Инструмент выравнивания подмножеств: инструмент по умолчанию, используемый для выравнивания подмножеств, — MAFFT, но вы можете изменить его с помощью параметра --aligner . Мы настоятельно рекомендуем, чтобы размер подмножества выравнивания всегда составлял не более 200 последовательностей, потому что для подмножеств, превышающих 200, наиболее точная версия MAFFT (-linsi) не используется.

• Инструмент парного слияния: инструмент слияния по умолчанию — OPAL.Вы можете изменить его, используя опцию --merger . Если у вас возникли проблемы с OPAL (версия java, память и т. Д.), Использование Muscle должно решить вашу проблему; по нашему опыту, это не сильно влияет на точность.

• процессоров: PASTA по умолчанию пытается использовать все доступные процессоры. Вы можете использовать --num_cpus , чтобы настроить количество используемых потоков.

• Количество итераций: самый простой вариант, который можно использовать для установки количества итераций, — это --iter-limit , который устанавливает количество итераций, которые должна выполняться PASTA. Вы также можете установить ограничение по времени, используя --time-limit , и в этом случае PASTA работает до тех пор, пока не будет достигнут предел времени, затем продолжает выполняться до тех пор, пока не завершится текущая итерация, а затем останавливается. Если установлены обе опции, PASTA останавливается после достижения первого предела. Остальные варианты установки пределов итераций являются наследием SATe и не рекомендуются.

• Маскирование: поскольку PASTA может давать очень неравномерное выравнивание, рекомендуется удалить сайты, которые почти всегда являются пробелами, перед запуском оценки дерева машинного обучения.По умолчанию PASTA удаляет сайты с пропусками более 99,9%. Вы можете изменить это с помощью параметра --mask-gappy-sites . Например, использование --mask-gappy-sites 10 удалит сайты, которые являются пробелами для всех последовательностей, кроме (максимум) 10 последовательностей. Увеличение маскировки может сделать PASTA немного быстрее и потенциально может уменьшить использование памяти, но это также может иметь небольшое влияние на окончательное дерево. Если не уверены, оставьте параметр без изменений. Обратите внимание, что окончательное выравнивание, выводимое PASTA, НЕ замаскировано, но замаскированные версии вывода также сохраняются как временные файлы (см. Ниже).

• Максимальный размер подмножества: доступны две опции для установки максимального размера подмножества: --max-subproblem-frac и --max-subproblem-size . Параметр --max-subproblem-frac представляет собой число от 0 до 1 и устанавливает максимальный размер подмножества как долю от всего набора данных. Параметр --max-subproblem-size устанавливает максимальный размер как абсолютное число. Если указаны оба числа (в файле конфигурации или в командной строке), используется номер БОЛЬШЕ .Это неудачный дизайн (наследие SATe), который может сбивать с толку. Пожалуйста, всегда дважды проверяйте фактический размер подмножества, сообщаемый PASTA, и убедитесь, что это предполагаемое значение. Размеры подмножества по умолчанию должны работать нормально. В наших ограниченных экспериментах мы заметили, что уменьшение максимального размера подмножества с 200 до 100 для очень больших наборов данных увеличивает скорость, практически не влияя на окончательные выравнивания.

• Временные файлы: PASTA создает много временных файлов и в конце удаляет большую их часть.Вы можете управлять поведением временных файлов, используя несколько параметров: --temporaries устанавливает каталог, в котором создаются временные файлы, -k указывает PASTA хранить временные файлы, а --keepalignmenttemps сохранит еще больше временных файлов. Обратите внимание, что они отличаются от временных файлов, созданных в выходном каталоге (которые всегда хранятся).

• Пробный запуск: параметр --exportconfig можно использовать для создания файла конфигурации и выхода без фактического запуска PASTA. Это полезно для проверки правильности настроек перед фактическим запуском задания.

Остальные параметры, доступные в PASTA, в основном унаследованы от SATe и обычно не используются для прогонов PASTA.

Шаг 4. Пример выполнения с данными AA

Чтобы запустить PASTA для наборов данных аминокислот, необходимо, чтобы тип данных был объявлен для PASTA. В версии с графическим интерфейсом это делается автоматически, но вы также можете настроить тип данных. В командной строке это должно быть установлено явно.

В каталоге образцов данных есть образец набора данных AA с именем BBA0067-half.input.fasta . Запустите PASTA для этого входного файла, используя следующую команду:

  run_pasta.py -i BBA0067-half.input.fasta
  

Обратите внимание на появившееся сообщение об ошибке. Теперь попробуйте:

  run_pasta.py -i BBA0067-half.input.fasta -d белок
  

ПАСТА теперь должна работать нормально. Обратите внимание, что этот прогон займет больше времени (5-20 минут), потому что входной файл больше, а также потому, что PASTA медленнее на AA по сравнению с ДНК.Если вы не хотите ждать так долго, остановите выполнение, используя Ctrl + C .

Шаг 5: использование начального дерева

Чтобы использовать начальное дерево с графическим интерфейсом пользователя, вы можете просто использовать опцию «Файл дерева» и выбрать начальное дерево. Чтобы предоставить начальное дерево с помощью командной строки, выполните следующую команду:

  run_pasta.py -i BBA0067-half.input.fasta -t BBA0067-half.startingtree.tre -d протеин -j myjob --num-cpus 2
  

Этот запуск будет использовать стартовое дерево, которое у нас уже было (параметр -t ), а также установит имя для задания myjob с помощью параметра -j .Теперь выходные файлы будут иметь префикс myjob вместо pastajob . Наконец, --num-cpus изменит количество потоков, используемых PASTA.

Шаг 6: использование run_seqtools.py

В комплекте с PASTA есть небольшой инструмент seqtools, который можно вызвать, запустив:

Этот инструмент (который доступен только как командная строка) может помочь вам с некоторыми специфическими манипуляциями с файлами выравнивания. В текущей версии этого инструмента есть несколько действий, которые он может выполнять:

1. Прочитать выравнивания в нескольких форматах и ​​записать их в другом формате
2. Маскировать гэп-сайты из выравнивания
3. Отфильтровать фрагментарные последовательности
4. Переименовать последовательности в файле

Эти операции полезны для PASTA по нескольким причинам:

1. Временные файлы, выводимые PASTA (pastajob_temp *), используют «безопасные» имена таксонов, внутренние для PASTA.PASTA также выводит файл сопоставления, который может сопоставлять имена таксонов с исходными значениями ( pastajob_temp_name_translation. txt ). Если вы когда-нибудь захотите использовать эти временные файлы, вам может потребоваться изменить имена таксонов.
• Некоторые из этих временных файлов также имеют форматы, специфичные для PASTA. В частности, немаскированные файлы выравнивания имеют формат COMPACT3 , который использует PASTA, но никакое другое программное обеспечение не понимает. Вы можете конвертировать из CPMACT3 в другие форматы с помощью run_seqtools.py .
• Возможно, вы захотите преобразовать файл выравнивания PASTA в формат PHYLIP, чтобы вы могли запускать на них RAxML.
• PASTA производит выравнивание с пропусками для больших наборов данных. Это особенность выравнивания PASTA, связанная с дизайном слияния транзитивности. Чтобы справиться с этим обилием пробелов, PASTA внутренне маскирует сайты с пробелами более 99,9% (по умолчанию) перед оценкой дерева. Для любого последующего анализа, который использует выравнивание PASTA, также может быть хорошей идеей также выполнить некоторую форму маскирования сайтов с пробелами.
• PASTA — это , а не , предназначенный для выравнивания фрагментарных данных (это инструмент глобального выравнивания). Возможно, вы захотите удалить фрагментарные последовательности из своего набора данных перед использованием PASTA или использовать UPP (другой метод выравнивания, который мы разработали и доступен по адресу https://github.com/smirarab/sepp).

Принцип работы run_seqtools.py заключается в том, что вы задаете ему выравнивание ввода и набор параметров. На основе предоставленных опций выравнивание изменяется одним из нескольких способов, и результирующее выравнивание выводится.Формат ввода / вывода также можно настроить. Пример лучше всего проиллюстрирует это.

Перейдите в то место, где вы выполнили один из ваших тестовых запусков. Там вы найдете файл с именем pastajob_temp_iteration_0_seq_unmasked_alignment.gz . Это немаскированное выравнивание из первой итерации PASTA в формате COMPACT3 , также сжатое. Используйте gunzip pastajob_temp_iteration_0_seq_unmasked_alignment.gz , чтобы распаковать его. Теперь запустите:

  run_seqtools.py -infile pastajob_temp_iteration_0_seq_alignment.txt -outfile iter0.phylip -informat COMPACT3 -outformat PHYLIP -masksites 5 -rename pastajob_temp_name_translation.txt
  

Приведенная выше команда считывает файл выравнивания pastajob_temp_iteration_0_seq_alignment.txt в формате COMPACT3 и выводит результаты в формате PHYLIP в файл с именем iter0.phylip . Он также удаляет все сайты, содержащие не более 5 символов без пробелов. Наконец, он сопоставляет имена из внутренних имен PASTA с именами исходных последовательностей, используя временный файл сопоставления, созданный PASTA.

Вот еще одна полезная команда:

  run_seqtools.py -infile pastajob.marker001.small.aln -informat FASTA -outfile pata-masked-20.fasta -outformat FASTA -maskmin 20
  

Это считывает ваше окончательное выравнивание PASTA и маскирует столбцы, содержащие не более 20 символов без пробелов.

Если есть функции, которые вы хотели бы реализовать. run_seqtools.py , дайте нам знать, и мы постараемся их добавить.

Перезапустите PASTA с предыдущих запусков.

Предположим, вы запустили PASTA и после завершения 1 итерации задание остановилось. Теперь вы хотите запустить еще одну итерацию. Что вы делаете?

Вы можете использовать

 zcat pastajob_temp_iteration_1_seq_unmasked_alignment.gz | run_seqtools.py -informat COMPACT3 -outformat FASTA -outfile iterate1.fasta -rename pastajob_temp_name_translation.txt 

, чтобы получить файл с именем iterate1.fasta , который вы можете передать в PASTA в качестве входных данных для следующей итерации. Здесь происходит следующее.

1. zcat распакует немаскированный файл выравнивания
2. Немаскированный файл в формате COMPACT3 транслируется в вывод FASTA
3. Внутренние имена PASTA переводятся в исходные имена.

Выходной файл может быть очень большим. Для очень больших входных данных вы можете потерять некоторые очень непоследовательные части выравнивания между двумя шагами. Если это так, вы можете использовать

 zcat pastajob_temp_iteration_1_seq_unmasked_alignment.gz | run_seqtools.py -informat COMPACT3 -outformat FASTA -outfile iterate1.fasta -rename pastajob_temp_name_translation.txt -masksitesp 0.0001 

, чтобы удалить сайты, имеющие (например) 99,99% или более пропусков.

Шаг 7. Запуск PASTA с использованием файлов конфигурации

Как упоминалось ранее, все конфигурации, используемые для запуска PASTA, сохраняются в файле конфигурации, а также PASTA может быть запущен с использованием файла конфигурации. Эти файлы конфигурации полезны для нескольких целей — например, если вы хотите воспроизвести запуск PASTA или если вы хотите сообщить точные использованные конфигурации.Всегда сохраняйте созданные файлы конфигурации для использования в будущем. Однако обратите внимание, что файлы конфигурации можно использовать в качестве входных данных только с помощью командной строки.

Давайте откроем myjob_temp_pasta_config.txt в каталоге данных и посмотрим на него. Обратите внимание, что все упомянутые нами параметры упомянуты здесь.

Теперь представьте, что мы хотим проинструктировать PASTA использовать модель JTT вместо WAG для анализа белка. Вот как мы можем этого добиться. Скопируйте файл myjob_temp_pasta_config.txt как новый файл (например, cp myjob_temp_pasta_config.txt jtt_config.txt ). Затем откройте jtt_config.txt с помощью любого текстового редактора по вашему выбору. Найдите model = -wag -gamma -fastest в заголовке [FastTree] . Удалите опцию -wag и сохраните файл конфигурации. Обратите внимание, что по умолчанию Модель в FastTree — это JTT, поэтому при удалении -wag она автоматически переключается на использование JTT. Чтобы запустить PASTA с использованием этого нового файла конфигурации, запустите:

  run_pasta.py jtt_config.txt
  

Добавление настраиваемых параметров в выравниватели: Также можно добавить настраиваемые параметры к инструментам выравнивания и слияния. Для этого вам нужно использовать файл конфигурации. Под каждым инструментом выравнивания в файле конфигурации вы можете добавить атрибут args и перечислить все атрибуты, которые вы хотите передать этому инструменту. Например, чтобы запустить Mafft с выбранным вами значением штрафа за пропуск, отредактируйте файл конфигурации под заголовком [mafft] на что-то вроде:

  [mafft]
path = [здесь будет путь к вашей директории с макаронами] / bin / mafft
аргументы = --op 0.2 - пар 0.2
  

и используйте этот файл конфигурации для запуска PASTA.

Обратите внимание, что PASTA не пытается понять эти дополнительные параметры, которые вы передаете внешним инструментам. Он просто добавляет эти параметры в конец выполняемой команды.

Шаг 8. Включение отладочной информации

Если PASTA обнаруживает ошибку, мы просим вас сообщить об ошибке в группе пользователей Google. Чтобы мы могли понять и отладить ошибку, было бы полезно иметь дополнительные файлы журнала.Чтобы получить эту дополнительную отладочную информацию, вам необходимо установить некоторые переменные среды перед запуском PASTA. Из командной строки:

  экспорт PASTA_DEBUG = TRUE
экспорт PASTA_LOGGING_LEVEL = ОТЛАДКА
экспорт PASTA_LOGGING_FORMAT = RICH
run_pasta.py -i small.fasta 2> log.err 1> log.out
  

Это создаст два файла журнала log.err и log.out, которые были бы очень полезны для нашей отладки. Отправьте нам их в дополнение к отчету об ошибке.

Также для отладки полезно хранить временные файлы, которые можно проверить после завершения задания.Чтобы сохранить временные файлы, запустите:

  run_pasta.